Es un curso que te dará conceptos y y práctica sobre estructura primaria, secundaria y terciara de proteínas, aprenderás a buscar secuencias, a usar herramientas bioinformáticas para construir estructuras 3D. Además aprenderás conceptos y manejo de herramientas para realizar evaluación de estructural. La práctica la realizaras tu mismo en tu computadora con acceso remoto a servidores, instalación de herramientas en tu máquina, etc. 

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TEMARIO

Unidad I: Introducción a métodos de predicción de proteínas: (3 horas) (teórico)

1. Aspectos biológicos de las proteínas.

2. Clasificación de técnicas de predicción de proteínas.

   1. Modelado por homología

   2. Modelado por homología remota.

   3. Modelado por ab intio.

 

Unidad II: Taller de técnicas de predicción de proteínas: (6 horas) (práctico).

1. Alineamientos para la búsqueda del cristal de la proteína de interés.

2. Utilización de las bases de datos PDB.

3. Selección de la técnica de predicción proteínas.

4. Predicción de modelado por homología.

   1. Utilización del programa Modeller (Métodos básicos).

   2. Utilización del programa Modeller (Métodos intermedios).

   3. Utilización del programa Modeller (Métodos avanzado).

   4. Utilización del servidor SwissModel.

 

1. Predicción de métodos iterativos.

   1. Utilización del programa I-Tasser.

2. Predicción de proteínas por medio de métodos ab-initio.

   1. Utilización del programa Robetta-Rosseta

 

Unidad III: Evaluación de las estructuras tridimensionales o cuaternarias predichas por los diferentes métodos: (3 horas) (práctico).

 

1. Evaluación de los modelos por medio gráficas de Ramachandra.

2. Evaluación de los modelos por mediante ERRAT.

3. Evaluación de los modelos por medio de VERIFY 3D.

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